大鹏海关位于盐田港区，实施对进出港口货物、运输工具的监管、征税、打击走私等职责。

为配合盐田国际服务于世界级船公司、处理超大型集装箱货轮的作业性质，大鹏海关在有效监管和高效运作上不断改革，逐渐发展成为与国际接轨的现代化海关。

2002年4月，大鹏海关在全国率先启动无纸化通关改革，报关企业可直接通过中国电子口岸系统向海关预申报，海关对所收到的电子报关数据进行审核验放，整个报关过程只需15分钟即可完成。

大鹏海关最早实行对进口空箱的“提前录入、落地放行、闸口管理、事后报核”的快速通关新模式，船公司进口空箱可提前预申报，到港后可即卸即走，此举使得各船公司空箱周转率大为提高, 降低了企业成本。

在港口实行集中查验，高效通关。即海关根据报关资料对进港货物和相关企业进行风险分析，确定查验重点。货物到港后根据分析结果分别进入红区和绿区两个不同的区域。进入绿区的货物可以办理放行手续，进入红区（查验中心）的货物则进行查验。查验中心配备高科技的检查设备，高效率实施查验，对经确认为正常货物的办理放行手续。

通过闭路电视、GPS全球卫星定位系统、电子闸门等，对港口的后方仓库实行监控，使原来的港区监管延伸到了仓库监管，也就是说在货物进入码头前，海关已在监管仓进行监控。即使是距港口30多公里的观澜仓，在货物从监管仓到港口的全过程中，因为承运出仓货物的车辆配载了GPS卫星定位系统，如果集装箱离开车辆，车辆路线改变，海关的监控室里都会发出警报声。

2005年3月，建立进口重箱预申报制度，将原来的货物抵港后申报制改为抵港前的预申报制，此举将缩短货物停留时间约一天。预申报通过实际卸船信息与预申报信息的对碰，使需查验的货物能直接从船边调至查验场，避免了重复吊箱，节省了客户和码头的操作成本。

为配合港口24小时运转的工作性质。2005年6月开始，大鹏海关延长查验工作时间至晚八点，争取做到当日查验、当日放行，节省了客户的通关成本。同时大鹏海关还实行协管员制度，由协管员承担部分监管责任，令仓库能24小时操作。

2005年6月，新的海关集中查验中心投入使用。该中心建有178个查验位，查验处理能力由过去的每日不到200个集装箱增加到每日约400多个，查验处理能力的提高将缩短货物的查验耗时，提高整体通关效率。

出口：

业务科室
一、办公室
业务综合协调部门。

二、综合业务科
“监管仓和保税仓”(简称“两仓”)帐册管理、两仓货物报关单证的复核等。

三、物流监控一科
验放进出口报关单、打印《查验通知单》和《查验作业单》、登录查验结果、受理出口外汇核销补核注申请。风险管理科负责船舶管理、舱单管理、风险分析布控、港区监管和机动巡查、国际中转货物申报单验放。

四、物流监控二科
负责对进出口转关货物申报验放。

五、通关科
负责退关退运退场及非常规货物通关，办理进口货物报关和出口涉税货物报关及、税费征收。

六、查验一科和二科
负责中、西港区进出口货物实际查验。

七、查验三科
负责对中、西港区进出口集装箱的机检查验和H-986集装箱检查系统的维护。

八、辑私科
负责对走私违规货物的调查处理。