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大鹏海关于1992年11月11日正式建关，主要负责盐田港、下洞港区、沙鱼涌码头的进出口货物监管以及辖区内出口监管仓、保税仓、保税区的货物进出监管，现有科（室）22个，下辖监管区域和作业点29个，包括盐田港中西港区、盐田海鲜码头、下洞港区、沙鱼涌二类码头、广东大鹏液化天然气码头(LNG码头)及盐田、梅沙、盐坝高速公路等3个二线公路口岸，以及后方腹地仓储区保税物流园区1家、出口监管仓15家、保税仓库4家、免税品商店1家。
近年来，大鹏海关深入推进海运通关各项改革，不断提高监管质量和服务水平，努力营造高效、便捷、有序、和谐的通关环境。2009年，大鹏海关正式启动出口环节分类通关改革，大幅提高了单证作业速度和口岸通关效率。2010年，大鹏海关将分类通关改革试点范围扩大到出口监管仓，并大力发展“属地申报、口岸验放”、电子关锁卡口联网、海铁联运、水路转关等区域通关业务，不断增强盐田港对周边省市的辐射能力。
通关时间
口岸通关时间:全年每天09:00-17:00时，出口清关业务每天延长至18:00时，人工查验作业每天延长至20:00时。
盐田港保税物流园区、出口监管仓、保税仓通关时间: 每周一至周六每天09:00-17:00时。